【空間蛋白組學】2024年度技術(shù)詳解
空間組學是什么？可以用來研究什么科學問題？
空間組學是一個快速發(fā)展的領(lǐng)域，它將空間信息與組學數(shù)據(jù)（如基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、蛋白組學和代謝組學）相結(jié)合，以全面了解組織中空間背景下的分子特征。
這種方法解決了傳統(tǒng)組學方法難以獲得空間信息的局限性，提供了對細胞微環(huán)境和相互作用的更深入了解。
由于空間組學能夠?qū)⒖臻g信息與組學數(shù)據(jù)相結(jié)合，它可以解決傳統(tǒng)方法無法解決的幾個科學問題。代表性問題包括（上下滑動查看全部）：
與傳統(tǒng)的批量或單細胞測序方法相比，通過保留分子數(shù)據(jù)的空間背景，空間組學可以從空間維度更全面地了解三維的生物過程。
空間組學方法分類
空間組學采用多種方法將空間信息與各種組學數(shù)據(jù)類型整合在一起。這些方法包括（上下滑動查看全部）：
這些方法通常結(jié)合使用，可對組織進行全面的空間分析，從而深入了解分子在其原生環(huán)境中的空間組織和相互作用。
空間蛋白組學方法比較
基于抗體的成像分析是空間蛋白組學常用的研究思路，主要包括的方法分類、大致流程、各自的優(yōu)缺點如下表：
表1. 基于抗體的空間組學成像分析方法對比
參考文獻：
Nat Methods. 2022 March ; 19(3): 284–295. doi:10.1038/s41592-021-01316-y.
Nature Methods | VOL 18 | September 2021 | 997–1012 | www.nature.com/naturemethods
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空間組學利器推薦
空間蛋白組學
表2. Invitrogen? 空間蛋白組學利器一覽
【組織低豐度蛋白檢測】Aluora? 空間組學信號擴增試劑盒
亮點：
亮度高：新一代 Aluora熒光染料，性能優(yōu)異
靈敏：極低豐度靶標也能檢測到
無縫兼容光譜拆分：專為熒光光譜成像設(shè)計
最多可同時檢測8個蛋白靶點
圖1. Aluora? 空間組學信號擴增試劑盒工作流程
（代表貨號：A40001338）
表3. Aluora? 空間組學信號擴增試劑選擇指南
【中高豐度靶點檢測】經(jīng)過組織染色驗證的直標一抗
亮點：
背景低：無需使用二抗，背景信號顯著降低
節(jié)省時間：無需二抗孵育步驟，縮短實驗時間
中高豐度靶點檢測首選，切記選擇組織染色驗證過的直標抗體！
圖 2. 用直標一抗染色的 FFPE 正常人扁桃體 (A) 和扁桃體淋巴瘤 (B)。
【兼容BSA】ReadyLabel? 抗體標記試劑盒
亮點：
方便：無需純化，20分鐘上手時間、1小時完成標記
靈活：可標記任何IgG抗體，不挑物種、亞型和儲存液
多色可選：7色熒光、生物素；還有Flex試劑盒，可搭配任意胺反應(yīng)性染料使用。光譜成像絕佳搭檔
圖3. 使用ReadyLabel試劑盒進行組織7色標記
（代表貨號：R10723）
空間轉(zhuǎn)錄組學
【RNA轉(zhuǎn)錄本原位檢測】ViewRNA? 組織檢測試劑盒
亮點：
固定組織切片驗證+優(yōu)化
可搭配免疫熒光/組化使用，同時檢測蛋白和RNA
同時可檢測多達 4 個 RNA 靶標
圖4. ViewRNA試劑盒在小鼠腦切片中的實驗結(jié)果
（代表貨號：QVT0700）
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